Lipník se nachází v jihovýchodní části okresu Třebíč a leží ve středu okresu Třebíč na náhorní planině v převážně zemědělsky využívané krajině s velkým množstvím rybníků, které jsou významným krajinným prvkem. Zájmové území obce tvoří převážně zemědělská půda. Lesní porosty se nacházejí na jižním, jihovýchodním a jihozápadním okraji katastrálního území, kde navazují na rozsáhlé lesní komplexy.

Zastavěná část území obce je situována v mělkém údolí, v nadmořské výšce 480 m n.m. Středem obce protéká potok Mocla, který je v průtoku obcí zatrubněn. Nejstarší částí obce je náves s dominantou kostela sv. Jana Křtitele s ohradní zdí na východním okraji obce. Náves tvoří dvě protilehlé řady původních zemědělských usedlostí, středem prochází státní silnice. Západně od návsi je křižovatka silnic, které se paprskovitě rozbíhají do pěti směrů.